С 1956 г. отдел вошел в состав Института археологии АН Украины, а в 1992 г. был преобразован в Крымский филиал Института археологии Национальной Академии наук Украины.

     В разные годы в учреждении или в его экспедициях работали известные археологи, историки, эпиграфисты, географы, реставраторы: П.Н. Шульц – основатель отдела, член-корреспондент АН УССР С.Н. Бибиков, О.И. Домбровский, д.и.н., профессор Э.И. Соломоник, к.и.н. Е.В. Веймарн, к.и.н. В.П. Бабенчиков, д.и.н. Т.Н. Троицкая, к.и.н. А.Н. Карасев, д.и.н. В.С. Драчук, к.и.н. И.В. Пятышева, к.и.н. М.А. Наливкина, к.и.н. Н.Н. Погребова, к.и.н. О.Д. Дашевская, к.и.н. К.Ф. Соколова, д.и.н. Ю.Г. Колосов, д.и.н. А.Д. Столяр, д.геогр.н. В.В. Бобин, к.и.н. Г.Д. Белов, к.и.н. С.Ф. Стржелецкий, к.и.н. Х.И. Крис, д.архитектуры Ю.С. Асеев, к.и.н. А.А. Щепинский, к.и.н. А.Н. Щеглов, к.и.н. И.В. Яценко, к.и.н. В.М. Маликов, д.и.н. А.И. Айбабин, д.и.н. И.А. Баранов, к.и.н. В.А. Сидоренко,  Л.В. Фирсов (и другие).

     Основными направлениями научно-исследовательской работы филиала является изучение археологии и истории Крымского полуострова первобытного периода, эпохи бронзы, античного, скифо-сарматского и средневекового периодов. Эти направления научных исследований разрабатываются в филиале сотрудниками отделов: первобытной археологии (зав. отделом В.П. Чабай), археологии античного периода (с 1 июля 2008 г. зав. отделом Ю.П. Зайцев, до 30 июня 2008 г. С.Б. Ланцов), периода скифо-сарматского (с 1 июля 2008 г. зав. отделом В.И. Мордвинцева, до 30 июня 2008 г. зав. отделом Ю.П. Зайцев) и отдела средневековой археологии (зав. отделом С.Г. Бочаров).

Основными темами научных исследований являются:

    Филиал тесно сотрудничает с ведущими научными учреждениями Украины, стран СНГ и дальнего зарубежья. Среди них: